Vienas pagrindinių ekologinė gyvulininkystės kriterijų yra gyvulių gerovės užtikrinimas. Gyvūnų gerovė – tai humaniško gyvūnų naudojimo koncepcija, siekianti su mažinti bet kokį gyvūnų skausmą, stresą, kančias ir pagerinti gerovę visais jų gyvenimo etapais. Tai yra ypač svarbu visų šalių gyvūninės kilmės maisto vartotojams, nes streso paveiktų gyvūnų mėsa yra labiau užteršta (streso metu padidėja adrenalino kiekis kraujyje, o tai taip pat lemia laisvųjų radikalų pagausėjimą ir audinių bei kraujagyslių pažeidimą).

Ekologinėje gyvulininkystėje laikomasi šių esminių principų:

  • Turi būti sudarytos galimybės gyvuliams nuolat ganytis atvirame ore;
  • Ganyklos- pritaikytos gyvulių mitybos ir elgesio poreikiams;
  • Gyvulius draudžiama rišti ir izoliuoti;
  • Naudojamas tinkamas kraiko;
  • Atvirame plote laikymas nedidelis gyvulių skaičius;
  • Stengiamasi sumažinti gyvulių transportavimo trukmę.
  • Išvengiama bet kokio žiauraus elgesio su gyvuliais, kaip ausų, ragų, snapų pjovimas ir pan.

Gyvūnų mityba
Ne mažiau 85% ekologiškai auginamų gyvulių raciono turi sudaryti ekologinis pašaras, gaminamas iš ekologinių žaliavų, minimaliai naudojant pašarų priedus ir pagalbines perdirbimo priemones, naudojant biologinius, mechaninius ir fizinius metodus. Pageidautina, jog šis pašaras būtų pagamintas tame pačiame ūkyje, kur gyvuliai auginami.

Šiuose pašaruose negali būti augimą skatinančių medžiagų, sintetinių amino rūgščių bei genetiškai modifikuotų organizmų. Ekologiškų gyvulių pašarų racionus galima sudaryti tik iš reikalavimuose išvardytų pašarinių žaliavų ir priedų. Pirmenybė teikiama natūralios kilmės medžiagoms. Sintetinius vitaminus, mineralus ar papildus galima naudoti tik išskirtiniais atvejais sertifikavimo organizacijoms leidus.GMO (genetiškai modifikuoti organizmai) ekologinių ūkių gyvulių mityboje draudžiami.

Gyvūnų laisvas judėjimas
Siekiant užtikrinti ilgalaikę gyvulių sveikatą, reikalaujama, jog gyvuliai ne tik būtų šeriami geros kokybės pašaru, bet ir galėtų reguliariai judėti bei nepririšti ganytis tinkamose ganyklose, reglamentuojamos higienos normos. Ekologiškai auginami gyvuliai ganosi atvirose ganyklose ir laisvai prieina prie rupiųjų pašarų, kurie turi tenkinti gyvulių mitybos poreikius įvairiose vystymosi stadijose. O ankstyvosiose stadijose galvijai maitinami natūraliu motinos pienu.

Gyvulių skaičius ūkyje turi būti griežtai derinamas su turimu žemės plotu. Tik tokiu būdu antriniai gyvulininkystės veiklos produktai tampa ne atliekomis ir tarša, o trąša augalams, būtent taip užsidaro ekologinės gamybos ciklas.

Pagrindiniai reikalavimai, keliami pastatams ir laikymo sąlygoms. Vienas svarbiausių ekologinės gyvulininkystės principų – pasirinkta gyvulių rūšis turi atitikti laikymo būdą ir sąlygas. Gyvulių ir paukščių laikymo sąlygos turi būti kuo natūralesnės ir visiškai patenkinti jų elgsenos poreikius. Gyvuliams ir paukščiams turi būti sudarytos sąlygos tenkinti dar išlikusius instinktus: laisvai judėti, knaisiotis, kapstytis, turėti galimybę būti kuo nors užsiėmusiems ir pan.

Elgesys su gyvūnais
Gyvūnų žalojimas ekologiniuose ūkiuose draudžiamas (pavyzdžiui, elastinių raiščių tvirtinimas ant avių uodegų ar patinų sėklidžių maišelio, uodegų sutrumpinimas, vilkdančių pašalinimas, viščiukų snapų galų nubukinimas), išskyrus kastravimą ir ragų šalinimą. Tačiau esant būtinybei, sertifikavimo organizacijos gali leisti kai kurias iš šių operacijų.

Kastruoti ir šalinti ragus gali specialų išsilavinimą turintys specialistai, įvertinę minėtų veiksmų būtinumą, pasirinkdami tinkamiausią gyvulių amžių ir sukeldami kuo mažesnį skausmą (pavyzdžiui, naudodami vietinę anesteziją). Ragų užuomazgas geriausia pašalinti jauniems (2–4 savaičių amžiaus) veršeliams.

Veterinarinė priežiūra ir gydymas. Ligų prevencija ekologiniuose ūkiuose turi būti paremta profilaktiniais metodais, taikant zooveterinarinių priemonių kompleksą.

Gyvuliams susirgus jie gydomi taip pat ekologiškomis priemonėmis: homeopatija- alternatyvusis gydymo būdas, kai siekiama, kad organizmas taptų atsparus ligai, tam naudojamos labai atskiestos medžiagos, kurios sukelia panašius simptomus, kaip ir ligos sukėlėjai, bei fitoterapija – gydymas. naudojant augalus ir jų ekstraktus.